Het is mogelijk om bij AMvB nadere regels te stellen voor de toepassing van de innovatiebox. Daarvan is gebruik gemaakt bij het voorkomen van dubbele belasting bij royalty’s in artikel 36a van het Bvdb en bij het bepalen van het voordeel op forfaitaire wijze in artikel 7aa Uitvoeringsbesluit vennootschapsbelasting 1971.
Op royalty’s verkregen uit het buitenland kan een buitenlandse bronbelasting drukken. In artikel 36a van het Bvdb wordt de verrekening geregeld van de buitenlandse bronbelasting op royalty’s die voor toepassing van de innovatiebox in aanmerking komen. Door dit artikel is de verrekening van de buitenlandse bronbelasting begrensd op 5/100 van het bedrag van deze royalty’s. Deze grens is een specifieke uitwerking van de tweede limiet en houdt in dat de verrekening van de buitenlandse bronbelasting nooit meer kan bedragen dan de in Nederland verschuldigde vennootschapsbelasting – dus na toepassing van de grondslagvermindering – over de ontvangen royalty's. Overigens blijft eventueel op grond van artikel 36a van het Bvdb niet verrekende buitenlandse bronbelasting het daaropvolgende jaar hetzelfde systeem volgen.
Het resultaat van een belastingplichtige is € 1.100 en bestaat voor € 400 uit een voordeel dat voor toepassing van de innovatiebox in aanmerking komt. In het resultaat is onder meer een royalty van € 300 uit land Y begrepen. Van deze royalty valt een bedrag van € 80 toe te rekenen aan octrooi- en S&O-activa die voor toepassing van de innovatiebox in aanmerking komen. Land Y kent een bronbelasting op royalty’s van 10%. Hierdoor is € 30 (10%*€ 300) aan bronbelasting ingehouden. Op het deel van de royalty dat voor toepassing van de innovatiebox in aanmerking komt, drukt € 8 (10%*€ 80). Op grond van artikel 36a van het Bvdb is de maximale buitenlandse bronbelasting die kan worden verrekend 5/100 van de royalty’s die voor toepassing van de innovatiebox in aanmerking komen. Dit betekent dat € 4 (5/100*€ 80) van de € 8 voor verrekening van buitenlandse bronbelasting in aanmerking komt. Overigens gelden voor de € 220 aan royalty’s die niet voor toepassing van de innovatiebox in aanmerking komen de normale verrekeningsregels van artikel 36 van het Bvdb.
Belastingplichtigen kunnen voor de voordeeltoerekening – naast de eerder beschreven economische benaderingen – ook kiezen voor een forfaitaire methode. Deze forfaitaire methode is in het leven geroepen voor bedrijven waarvan de voordelen van de toepassing van de innovatiebox niet opwegen tegen de administratieve lasten van het bepalen van de toerekenbare voordelen. De forfaitaire methode geldt voor alle vennootschappen die voor de toepassing van de innovatiebox in aanmerking komen. Vereist is dat in het jaar of de twee daaraan voorafgaande jaren een octrooi- of S&O-activum is voortgebracht. Bij de forfaitaire methode wordt 25% van de fiscale winst als positieve innovatiewinst voor de toepassing van de innovatiebox in aanmerking genomen. De op deze forfaitaire wijze bepaalde positieve innovatiewinst is gemaximeerd op € 25.000.
Als voor deze methode wordt gekozen, ziet de keuze op alle kwalificerende immateriële activa. Het is dus niet mogelijk in één jaar zowel het forfait, als een andere methode toe te passen. Voor de forfaitaire methode kan per jaar worden gekozen. Als in de jaren daarna niet langer voor de forfaitaire methode kan of wordt gekozen, kunnen de voordelen nog wel op de gebruikelijke wijze voor de toepassing van de innovatiebox in aanmerking komen.
Artikel 14
Nadere regels bij AMvB (artikel 12b, achtste lid)
Onderdeel van Vennootschapsbelasting, innovatiebox· Ondernemingspraktijk
Deze tekst geldt sinds 6 september 2014