Het is de taak van de commissie om het college te adviseren in de beoordeling en afdoening van een klacht. Daartoe behoort ook de ontvankelijkheidtoetsing. Hierbij zijn vier situaties te onderscheiden:
De klacht valt binnen de regeling en wordt in behandeling genomen. In het kader van de behandeling stelt de commissie het bevoegd gezag op de hoogte van het bestaan van de klacht, voor zover het hiervan nog niet op de hoogte was gesteld in het kader van het onderzoek naar de ontvankelijkheid (artikel 8, lid 1 en artikel 9, lid 2). De aangeklaagde wordt ten behoeve van de behandeling tijdig op de hoogte gesteld (artikel 10, lid 6).
De klacht valt niet binnen de regeling of wordt niet binnen redelijke termijn voorgelegd of valt onder de uitzonderingen van artikel 9:8 Awb. De commissie adviseert (dan wel: kan adviseren) het bevoegd gezag de klacht niet-ontvankelijk te verklaren (artikel 8, leden 2 en 5 A en B). De aangeklaagde wordt in beginsel niet op de hoogte gesteld.
De klacht valt binnen de regeling maar klager heeft (nog) niet de lokaal verplichte stappen ondernomen. De commissie stelt klager hiervan op de hoogte. Het bevoegd gezag wordt niet op de hoogte gesteld van de klacht, de aangeklaagde ook niet. Aan klager is de keuze om de verplichte stappen alsnog te doorlopen of af te zien van verdere actie (artikel 8, lid 2).
De commissie kan de klager de mogelijkheid geven om aan niet-ontvankelijkheid op basis van artikel 8, lid 5 onder C te ontkomen door de gegevens van de klacht aan te vullen. De termijn van behandeling begint te lopen op het moment dat de gegevens van de klacht voldoende zijn aangevuld (zie artikel 4:15 Awb).
Bij lokale stappen kan gedacht worden aan overleg met of bemiddeling door de vertrouwenspersoon of de leidinggevende. De commissie zal alleen dan afzien van behandeling als een actie in de regeling van de aangesloten organisatie uitdrukkelijk verplicht is gesteld. In de meeste regelingen is dat overigens niet het geval. Wel is het beleid er doorgaans op gericht dat de medewerkers eerst contact zoeken met een vertrouwenspersoon om de zaak te overleggen en zo mogelijk op te lossen.
Een klacht is niet ontvankelijk indien deze niet is ingediend binnen een redelijke termijn nadat het ongewenst gedrag heeft plaats gevonden. Als richtlijn kan worden aangehouden een termijn van twee jaar (in afwijking van de termijn van een jaar uit artikel 9:8 van de Awb).De ervaring leert dat klachten over ongewenst gedrag vaak pas na enige tijd worden ingediend, nadat de klager op andere wijze naar oplossingen heeft gezocht. De commissie kan een langere indieningtermijn dan twee jaar redelijk achten, indien de aard van de klacht daartoe aanleiding geeft, bijvoorbeeld indien er sprake is van ernstige feiten.Wel moet er rekening mee worden gehouden dat een onderzoek naar de feiten moeilijker wordt naarmate het langer geleden is dat ongewenst gedrag heeft plaats gevonden.
In de Algemene wet bestuursrecht worden uitzonderingen op de plicht tot klachtbehandeling genoemd. Deze uitzonderingen zijn in deze regeling overgenomen. Indien er reeds een klacht over het gedrag is behandeld is het bevoegd gezag niet verplicht de klacht opnieuw in behandeling te nemen. Ook in gevallen van voor beroep vatbare besluiten en van samenloop met een opsporingsonderzoek is die plicht niet aanwezig. Beoordeeld zal moeten worden of de samenloop met de strafrechtelijke procedure onwenselijk is. Bepaald is dat de commissie kan adviseren om een dergelijke klacht niet-ontvankelijk te verklaren. Het ligt voor de hand dat in dergelijke gevallen overleg gepleegd wordt tussen de commissie en het bevoegd gezag. Voorts geldt dat het een derde (in dit geval: de commissie) op grond van de Wet bescherming persoonsgegevens in beginsel niet is toegestaan om strafrechtelijke gegevens te verwerken.Een derde uitzonderingsgrond op de verplichte klachtbehandeling betreft de situatie dat het belang van de klager dan wel het gewicht van het ongewenst gedrag kennelijk onvoldoende is.