De commissie werkt met (persoons)gegevens, waartoe ook bijzondere persoonsgegevens in de zin van de Wet bescherming persoonsgegevens kunnen behoren. Persoonsgegevens mogen door de commissie slechts verzameld en verwerkt worden met het doel een advies uit te brengen over de klacht. Grondslag hiervoor is de verplichting van het bevoegd gezag om klachten op zorgvuldige wijze te behandelen.De commissie verwerkt de gegevens op een veilige wijze. In de praktijk betekent dit dat de secretaris van de commissie de gegevens op zodanige wijze opslaat en communiceert dat er geen risico is op onbevoegde kennisname.