Het toetsingsprotocol bestaat uit een matrix. In deze matrix worden vertikaal de aspecten per hoofdstuk uit het Bouwbesluit 2012 weergegeven, zoals veiligheid (constructie van het bouwwerk, gebruik), gezondheid (geluid, licht, ventilatie), bruikbaarheid (toegankelijkheid, vrije doorgang) en energiezuinigheid (isolatie, terugdringen gebruik gas en elektriciteit). Horizontaal zijn de gebruiksfuncties weergegeven die het Bouwbesluit onderscheidt, zoals woon-, industrie- en winkelfunctie. Per combinatie wordt weergegeven hoe intensief een bouwplan moet worden getoetst. Het volledige toetsingsprotocol is opgenomen in bijlage 1.
Er is voor gekozen om de Landelijke Toetsmatrix Bouwbesluit 2012 te hanteren. Hierin is een groter belang gegeven aan veiligheid- en gezondheidsaspecten. Bovendien worden bouwwerken die worden gebruikt voor gevoelige gebruiksfuncties intensiever getoetst. Een voorbeeld daarvan is een verzorgingstehuis. Bouwwerken die door hun gebruik of omvang een groter risico vormen voor de brandveiligheid hebben een hoge prioriteit gekregen.