Naast de goedkeuringstoleranties wordt de rapporteringstolerantie onderkend. De rapporteringstolerantie(s) is een bedrag dat gelijk is aan of lager is dan de bedragen voortvloeiend uit de goedkeuringstolerantie. Bij overschrijding van dit bedrag vindt rapportering plaats in het verslag van bevindingen. De rapporteringstolerantie kan worden vastgesteld op een percentage, bijvoorbeeld 80% van de goedkeuringstolerantie of op een maatschappelijk relevant geacht absoluut bedrag zoals € 50.000. De rapporteringstoleranties kunnen zich verder toespitsen op die elementen die de raad specifiek nader terug wil zien, zonder dat dit de controletoleranties zelf beïnvloedt.
De rapporteringstolerantie wordt door de gemeenteraad vastgesteld, met inachtneming van bovengenoemde minimumeisen. De accountant richt de controle in, rekening houdend met de rapporteringstolerantie om te kunnen waarborgen dat alle gesignaleerde onrechtmatigheden die dit bedrag overschrijden ook daadwerkelijk in het verslag van bevindingen worden opgenomen.
Voor de rapporteringstolerantie stelt de raad als maatstaf dat de accountant elke fout of onzekerheid groter of gelijk aan € 50.000 rapporteert.