In een aantal gevallen is de subsidieontvanger een vergoeding verschuldigd aan het college als de subsidie heeft geleid tot vermogensvorming bij de ontvanger. Aan deze vergoedingsplicht zijn enkele beperkingen verbonden. Allereerst moeten de subsidieverlening en de vermogensvorming met elkaar in een causaal verband staan, overigens zonder de vermogensvorming ten tijde van de subsidieverlening voorzienbaar was. De vergoeding kan nooit hoger zijn dan de vermogensvorming zelf. Daarbij bestaat er alleen plicht tot vergoeding in een limitatief aantal situaties (zie artikel 4:41 lid 2 van de Awb). Verder geldt er een verjaringstermijn van 5 jaar.
In artikel 21 van de verordening is geregeld volgens welke uitgangspunten de vergoeding wordt berekend.