De controle op de naleving van de Flora- en faunawet en de natuurbeschermingswet valt onder bevoegd gezag van de gemeente, indien deze onderdelen als verklaring van geen bedenkingen deel uit maken van de omgevingsvergunning. Mocht tijdens overige controles (mogelijke) overtredingen van deze wetten geconstateerd worden, dan zal doormelding plaatsvinden aan ministerie en/of provincie. In 2016 behoefden géén overtredingen door gemeld te worden.
Met ingang van 1 januari 2017 zijn de Flora- en faunawet, de Natuurbeschermingswet en de Boswet vervangen door de Wet natuurbescherming. Onder de Wet natuurbescherming geldt dat indien een verklaring van geen bedenking deel uit maken van de omgevingsvergunning, de gemeente het bevoegd gezag wordt. Indien er voorafgaand aan de omgevingsvergunning een vergunning in het kader van de Wet natuurbescherming wordt gevraagd aan de provincie, dan is de provincie het bevoegd gezag.