In sommige situaties worden regels van de exploitatieverordening door zowel de gemeente als haar contractpartij te rigide bevonden. Artikel 11 regelt de gevallen waarin partijen overeenkomen met hun afspraken af te wijken van de verordening. Veelal gaat het hierbij om het sluiten van projectontwikkelingsovereenkomsten in fasen (intentieovereenkomst, ontwikkelingsovereenkomst en realisatieovereenkomst). Maar ook afwijkende afspraken in kostenverhaal, risicoverdeling, kwaliteitseisen, e.d. worden geregeld. Het dan apart benoemen van alleen de kosten van openbare voorzieningen is niet voldoende.
De jurisprudentie met betrekking tot de exploitatieverordening ziet vooral op het toepassen van de verordening die is gericht op het verschaffen van rechtszekerheid voor grondeigenaren. Daarom moet, ingevolge artikel 11, de raad van de gemeente besluiten in die gevallen - op basis van deze specifieke overeenkomsten - af te wijken van de bepalingen van de verordening. De afwijkingen zullen hun grondslag moeten vinden in het door de gemeente geformuleerd beleid ten aanzien van die ontwikkeling.