Aan het hoofd van de werkorganisatie Gemeenschappelijke Regeling MER staat een directie die bestaat uit de 3 gemeentesecretarissen/algemeen directeuren van de deelnemende gemeenten.
De directie staat het Algemeen Bestuur, het Dagelijks Bestuur, de voorzitter en de door het bestuur ingestelde commissies bij de uitoefening van hun taak terzijde.
De directie kan de uitoefening van een of meer van zijn taken opdragen aan een van de gemeentesecretarissen/algemeen directeuren.
De directie zorgt voor een organisatiemodel dat ter besluitvorming aan het Dagelijks Bestuur wordt voorgelegd.
De directie ondertekent mede alle stukken die van het Algemeen en Dagelijks Bestuur uitgaan.