Per 15 oktober 2004 zijn de verplichtingen volgend uit de EU richtlijn 2000/59/EG geïmplementeerd in de Wvvs. Artikel 6a lid 1-3 van deze gewijzigde Wvvs luidt als volgt:
Artikel 6a lid 1–3
De havenbeheerder heft van de exploitant van een schip dat zijn haven aandoet, bij iedere aanloop van dat schip een bijdrage in de kosten van het in die haven in ontvangst nemen, opslaan en verwerken van scheepsafval.
De hoogte van de bijdrage wordt door de havenbeheerder vastgesteld. Hij doet dit zodanig dat de som van de jaarlijks geheven bijdragen tenminste gelijk is aan het bij regeling van Onze Minister te bepalen percentage van de totale jaarlijkse kosten van het in ontvangst nemen, opslaan en verwerken van scheepsafval in de desbetreffende haven.
Het voldoen van de bijdrage geeft de kapitein van het schip het niet overdraagbare recht gedurende het verblijf van het schip in de desbetreffende haven scheepsafval af te geven bij een houder van een havenontvangstvoorziening zonder daarvoor een afzonderlijke vergoeding verschuldigd te zijn. De havenbeheerder kan de hoeveelheid, de eigenschappen en de wijze van afgifte van het desbetreffende scheepsafval bepalen, indien het krachtens het tweede lid bepaalde percentage minder bedraagt dan 100%.’
Dit voorschrift heeft ertoe geleid dat de Havendienst Harlingen in haar beheersgebied een systeem voor het inzamelen en verwerken van scheepsgebonden afvalstoffen heeft opgezet. Er zijn inzamelaars van scheepsgebonden afvalstoffen aangewezen en er is een financieringssysteem opgezet.
De havenontvangstinstallatie wordt bekostigd door middel van directe en indirecte financiering. De indirecte financiering geschiedt via de Havendienst Harlingen, de directe financiering is een zaak tussen de inzamelaar en de ontdoener (exploitant van het schip).
Onder de regeling van indirecte financiering vallen alle van zee afkomstige schepen. Uitzondering hierop zijn ‘oorlogsschepen, marinehulpschepen of andere schepen in eigendom van of in beheer bij een Staat ten tijde dat zij uitsluitend worden gebruikt in dienst van de overheid voor andere dan handelsdoeleinden’ (Wvvs hoofdstuk 2, artikel 3).
Voor pleziervaartuigen met minder dan 12 passagiers en visserijvaartuigen mogen aparte regelingen worden getroffen.