Als er voorafgaand aan het onderzoek, hangende het onderzoek of na afronding van het onderzoek blijkt dat er mogelijk sprake is van een geconstateerd strafbaar feit doet het bevoegd gezag of namens deze een functionaris van het Meldpunt Integriteit aangifte bij de politie en/of Officier van Justitie. Ingeval van bedreiging of toepassing van geweld tegen medewerkers in functie of in diens eigendom toebehorende goederen wordt de medewerker gestimuleerd om aangifte te doen bij de plaatselijke politie. In deze situatie kan door of namens de gemeente een steunaangifte worden gedaan.
Mocht er strafrechtelijk onderzoek door politie/officier van justitie ingesteld worden, kan eventueel gelijktijdig een eigen onderzoek uitgevoerd worden (als dit elkaar niet belemmert). Plichtsverzuim kan meer omvatten dan de delictsomschrijving van een specifiek strafbaar feit. Het strafrechtelijk traject en het disciplinair traject zijn afzonderlijke trajecten, waarbij het bevoegd gezag op adequate wijze de verantwoordelijkheid voor het disciplinair traject invult. Wanneer in het kader van het strafrechtelijk onderzoek een proces-verbaal is vervaardigd, is de mogelijkheid aanwezig dat na afhandeling van het strafproces inzage in het proces-verbaal wordt gevraagd bij de Officier van Justitie.