Wanneer het voor de vaststelling van de ondersteuningsbehoefte noodzakelijk is, kan de consulent Beschermd Wonen medisch advies aanvragen. Daarnaast kan een advies voor de consulent zinvol zijn om te beoordelen wat de grondslag voor de aanvraag is en voor het in kaart brengen van de behandel- en ontwikkelingsmogelijkheden van de cliënt. Zolang intramurale behandeling niet centraal staat, kan ambulante behandeling naast Beschermd Wonen bestaan. Ambulante behandeling wordt bekostigd vanuit de Zorgverzekeringswet.
De medische advisering zal altijd plaatsvinden door een onafhankelijke organisatie die niet aan de centrumgemeente verbonden is. Wanneer het adviestraject niet binnen de wettelijke onderzoekstermijn van zes weken kan worden afgerond, kan deze termijn in overleg met de cliënt worden verlengd. De kosten van het medisch advies zijn voor rekening van de centrumgemeente. Het medisch advies wordt meegenomen in de afweging van de consulent. Wanneer een cliënt zelf een medisch advies, bijvoorbeeld als second opinion, wil aanvragen, kan hij dit via de eigen zorgverzekering doen. Dit advies wordt meegenomen in het onderzoek.