Het Openbaar Ministerie is niet gebonden aan een gedoogbeschikking bij het nemen van een beslissing omtrent eventuele vervolging. In het gedoogbesluit wordt dan ook vermeld dat het gedogen de verantwoordelijkheid van het Openbaar Ministerie om een strafvervolging in te stellen onverlet laat. Daarnaast dient opgemerkt te worden, dat de afgifte van een gedoogbeschikking ook civielrechtelijke consequenties onverlet laat van een eenmaal gepleegde overtreding.