Binnen de gemeente is de afdeling Facilitaire Zaken verantwoordelijk voor het beleid van het vlaggenprotocol (Kabinet en protocol). De uitvoering van het vlaggenprotocol wordt gedaan door de afdeling Stadsbeheer (Serviceteam). Na overleg met de betrokken afdelingen stelt het hoofd van de Afdeling Facilitaire Zaken een werkinstructie vast waarin de uitvoeringsafspraken van het vlaggenprotocol te vinden zijn.