Inherent aan de bevoegdheid om noodverordeningen vast te stellen is de bevoegdheid om daarvan in concrete gevallen af te wijken. De voorzitter kan derhalve in alle situaties waarin hij dat noodzakelijk acht, afwijken van de bepalingen in deze verordening. Dit wordt uitgedrukt in onderdeel c. De voorzitter dient zich daarbij vanzelfsprekend wel te houden aan de opdrachten op basis van artikel 7 van de Wet publieke gezondheid.
Daarnaast bevat artikel 3.1 uitzonderingen voor de betrokken hulpdiensten en toezichthouders (onderdeel a) en activiteiten die noodzakelijk zijn voor de voortgang van vitale processen (onderdeel b). De uitzondering in onderdeel b dient strikt te worden opgevat: ze biedt geen vrijbrief voor allerhande afwijkingen van de noodverordening ten behoeve van vitale processen, maar geldt alleen indien de toepassing van een verbod op bepaalde activiteiten de voortgang van vitale processen in gevaar zou brengen.
De uitzonderingen staan er niet aan in de weg dat de voorzitter in concrete gevallen van zijn wettelijke (nood)bevelsbevoegdheden gebruikmaakt.
Het schenden van voorschriften en beperkingen als bedoeld in het tweede lid is strafbaar gesteld in artikel 443 van het Wetboek van Strafrecht.