Overeenkomstig hetgeen gesteld in de Structuurvisie Wonen Zuid-Limburg, worden de in het kader van de financiële compensatie ontvangen middelen door de gemeenten in de subregio gestort in een subregionaal fonds ’sloop- en transformatiefonds subregio’ met als doel: transformatie en herstructurering van de woningvoorraad en het aan de woningvoorraad onttrekken van woningen. In verband met de beperkte hoogte van de financiële compensatie (artikel 6) is het niet mogelijk om 1 op 1 (particuliere) woningen aan te kopen en te onttrekken aan de woningvoorraad. De inzet van de middelen zal daarom niet direct na de eerste afdracht kunnen plaatsvinden, maar wel uiterlijk binnen 5 jaar na eerste storting in het fonds.
Het subregionale fonds wordt bij het subregionaal bestuursorgaan ondergebracht. Indien deze ontbreekt zal de centrumgemeente het beheer op zich nemen of er wordt in de subregio een andere passende afspraak gemaakt waarbij de gelden beschikbaar dienen te zijn voor inzet in de subregio (gemeente maakt een tussenpost aan). De voorwaarden waaronder de middelen uit het sloop- en transformatiefonds voor projecten beschikbaar worden gesteld, worden door elke subregio afzonderlijk bepaald.