Voor bomen van de Bomenlijst geldt een instandhoudingsplicht. Handelingen die mogelijk de dood van de boom tot gevolg kunnen hebben, zijn in beginsel vergunningplichtig. Handelingen zoals het aanbrengen van asfalt rond de boom waardoor het wortelpakket afsterft. Het in stand houden gaat dus verder dan het niet omzagen van een boom. Indien een boom die is opgenomen op de Bomenlijst in het voortbestaan wordt bedreigd, kan aan de eigenaar de verplichting worden opgelegd om overeenkomstig daartoe gegeven aanwijzingen binnen een bepaalde termijn voorzieningen te treffen, waardoor die bedreiging wordt weggenomen. Hiermee kan veel, ook onbedoelde schade aan bomen worden voorkomen of teruggedraaid.
Om bij bouw en aanleg schade aan beschermde bomen te voorkomen wordt voor gemeentelijke bomen een Bomeninventarisatie verplicht gesteld. Deze inventarisatie brengt voorafgaand aan de planvorming de aanwezigheid en status van alle aanwezige bomen in beeld. Het voorkomt dat bouwplannen worden gemaakt zonder rekening te houden met de aanwezige bomen en beschermde bomen in het bijzonder. Indien er sprake is van bomen van de Bomenlijst dan wordt aan particuliere eigenaren, zijnde rechtspersonen en natuurlijke personen, een Bomen Effect Analyse (BEA) opgelegd. In de BEA wordt aangegeven op welke wijze de bomen worden beschermd tijdens de geplande werkzaamheden of ingrepen in de nabijheid van de bomen en hoe hun duurzame voortbestaan voor de toekomst wordt gewaarborgd. Bij gemeentelijke projecten wordt in beginsel een BEA uitgevoerd voor zowel de gemeentelijke bomen van de Bomenlijst als de overige bomen in bijzondere structuren van de gemeente binnen het projectgebied.
Hoofdstuk 5.
Artikel 6.6