De Verordening fysieke leefomgeving is ingedeeld in 12 hoofdstukken. Elk hoofdstuk is onderverdeeld in één of meerdere afdelingen. Elke afdeling bevat één of meerdere artikelen.
Het eerste hoofdstuk bevat inleidende bepalingen. Dit betreft vooralsnog alleen een regeling van de begripsbepalingen. De daarop volgende hoofdstukken bevatten regelingen voor diverse onderwerpen. Dit varieert van specifieke onderwerpen, zoals erfgoed, tot meer algemene regelingen, bijvoorbeeld voor 'omgevingshinder' in brede zin. De laatste 4 hoofdstukken zijn algemeen en gelden in samenhang met elk afzonderlijk hoofdstuk. Deze hoofdstukken bevatten procedurele regels en straf-, overgangs- en slotregels.
Uitgangspunt bij het opstellen van de verordening was om de regels die de verordeningen gemeen hebben (bijvoorbeeld regels over beslistermijnen en toezicht), te bundelen in één van de algemene hoofdstukken. In hoofdstukken 9, 10, 11 en 12 is daarom zo veel mogelijk de algemene lijn uit de verschillende verordeningen gedestilleerd. Toch was het niet mogelijk om alle procedurele bepalingen bij elkaar te zetten. Sommige verordeningen bevatten regelingen die zo specifiek zijn dat ze zich niet leenden voor opname in de algemene bepalingen. In die gevallen is de specifieke procedurele regel gehandhaafd in het inhoudelijke hoofdstuk.