In uitzonderlijke gevallen of zeer ernstige situaties is het mogelijk om van dit protocol af te wijken en kan de burgemeester overgaan tot het toepassen van (spoed)bestuursdwang op grond van Awb (art. 5:31 lid 2) of kan de burgemeester direct overgaan tot onvrijwillige inbeslagname van een hond op grond van de GW (art. 172 lid 3).