De ambtelijke organisatie van de gemeente Urk is, afgezien van de griffie, ingedeeld in de volgende vier afdelingen:
afdeling ontwikkeling en advies;
afdeling realisatie en beheer;
afdeling interne dienstverlening;
afdeling publiekszaken.
Daarnaast is er een directiestaf en een taakonderdeel integrale veiligheid, waarvan de vrijwillige brandweer onderdeel uitmaakt.