In het Neolithicum (Nieuwe Steentijd), de periode van 5300 tot 2000 v. Chr., doen de landbouw en veeteelt hun intrede. Een vaste levenswijze, met een vaste woonplaats, is essentieel om eigen gewassen te kunnen zaaien en oogsten. Uit deze tijd stammen de eerste boerderijtjes. Ook doet het eerste aardewerk zijn intrede, in de vorm van voorraadvaten (Klokbekers, Standvoetbekers en Trechterbekers). Kenmerkende vuurstenen werktuigen zijn de bijlen (flint-ovalbeilen).
Zoals boven is vermeld, groeit gedurende deze periode het veenpakket verder en ontwikkelt zich de voorloper van het huidige IJsselmeer/voormalige Zuiderzee. Door de toenemende vernatting van het gebied rondom Eemnes circa 4000 jaar geleden veranderden de laag gelegen delen in een veenmoeras waarin geen bewoning meer plaats vond. Bewoning concentreerde zich voornamelijk op de hoger gelegen stuwwallen van het Gooi en in mindere mate op oeverwallen van de Eem. De eerdere bewoningsresten verdwenen onder nieuwe lagen klei die werd afgezet door overstromingen vanuit de Zuiderzee en onder nieuwe pakketten veen.
Sporen van bewoning uit deze periode zijn onder andere bekend van de eerdergenoemde dekzandruggen, in de polders van Eemnes, de Blaricummerheide, de Postiljon/Vredelaan te Laren en de grafheuvels op de Westerheide en rondom de Zeven Bergjes op de Zuiderheide.
In de Bronstijd (2000 - 700 v. Chr.) verdwijnt het gebruik van vuurstenen werktuigen geleidelijk en doen bronzen werktuigen hun intrede. Landbouw legt een steeds groter beslag op de beschikbare ruimte. Uiteindelijk worden bossen gekapt en/of platgebrand om nieuwe gronden voor landbouw en veeteelt te creëren. Een van de gevolgen is het verschralen van de bodem en uiteindelijk het ontstaan van zandverstuivingen, zoals aan de zuidoostzijde van Laren. Sporen van nederzettingen, in de vorm van verspreide boerderijen, zijn onder andere gevonden bij de Blaricummerheide, Boissevainweg en Tafelberg. In de Bronstijd raakte het cremeren van de doden in zwang. Grafheuvels met daarin crematiegraven zijn bekend rond de Aardjesberg en de Zeven Bergjes. Deze trend zet zich door in de IJzertijd (700-12 v. Chr.). Op den duur wierpen de mensen geen grafheuvels meer op, maar hergebruikten de bestaande heuvels, of begroeven de urn met as in de grond. De Westerheide bevat waarschijnlijk een van de grootste urnenvelden van Nederland (Historisch Canon TVE; Cruysheer 2008).
De periode IJzertijd tot aan de Vroege Middeleeuwen is relatief onderbelicht. Behalve grafvelden zijn uit de IJzertijd vooral losse aardewerkvondsten bekend. Mogelijke nederzettingen zijn aangetroffen bij de Tafelberg en Blaricummerheide. Vooralsnog lijkt het er op dat de mensen in de loop van de IJzertijd zijn weggetrokken van de zandgronden op de stuwwal. Wellicht heeft de ‘uitvinding’ van de ijzeren ploeg hierbij een rol gespeeld. Met dit werktuig konden namelijk ook kleiige gronden in cultuur worden gebracht en was men dus niet meer gebonden aan de (schralere) zandgronden.