De gemeente zal bij elke procedure van vergunningverlening (of controle van de vergunning die kan leiden tot intrekking daarvan) onderzoeken of artikel 3 van de wet BIBOB van toepassing is.
Primair wordt dit onderzoek gestart met de uitgifte van een BIBOB-formulier. Dit formulier bevat enerzijds vragen die in artikel 30 van de Wet BIBOB worden voorgeschreven ten behoeve van het bureau BIBOB en anderzijds vragen om zelf een BIBOB-beoordeling te kunnen uitvoeren. De formulieren, waarbij onderscheid is gemaakt tussen natuurlijke personen en rechtspersonen, zijn als bijlage bijgevoegd. Een aanvrager of vergunninghouder dient alle formulier volledig in te vullen en de vereiste bijlagen aan te leveren. Het ingevulde formulier, de vereiste bijlagen en de voor de aanvraag benodigde documenten, worden beoordeeld of er één of meerdere in de bijlage aangegeven indicatoren zich voordoen. Dit wordt een lichte toets genoemd. Indien er geen indicator aanwezig is, wordt geen verdergaand onderzoek verricht in het kader van de wet BIBOB.
Een aanvrager of vergunninghouder dient alle formulieren volledig in te vullen en de vereiste bijlagen aan te leveren. In het kader van een zorgvuldige voorbereiding dient het formulier in persoon op het gemeentehuis te worden overhandigd. Dit is onder meer nodig om originelen van documenten te kunnen controleren. Naar zijn aard leent de BIBOB-toets zich daarom niet voor volledige digitale afhandeling; wel kan het formulier digitaal worden verspreid (download). Indien het BIBOB-formulier niet volledig wordt ingevuld, dan wordt de aanvrager of vergunninghouder de mogelijkheid geboden om dit verzuim te herstellen, met daarbij de uitdrukkelijke waarschuwing dat een weigering hiertoe of andermaal onvolledige of onjuiste invulling van het formulier of het ontbreken van bijlagen, dit zal leiden tot buiten behandeling laten, weigering of intrekking van het besluit. Voldoet de aanvrager of vergunninghouder bij de aanvraag voor verlening, wijziging of verlenging hieraan niet binnen een redelijke termijn, dan wordt de aanvraag op grond van art. 4:5 van de Awb buiten behandeling gesteld. Voldoet de vergunninghouder hieraan niet ingeval een onderzoek wordt ingesteld of de vergunning kan worden ingetrokken, dan wordt het niet voldoen aan de informatieplicht aangemerkt als ernstig gevaar in de zin van artikel 4 van de Wet BIBOB, waarna de aanvraag op grond van artikel 3.1 van de Wet BIBOB wordt geweigerd.
Zijn alle formulieren in orde, dan onderzoekt de gemeente of sprake is van voorliggende wettelijke weigeringsgronden die te maken hebben met de integriteit van de aanvrager. Is van zo’n weigeringsgrond sprake, dan wordt deze toegepast. Vervolgens wordt overgegaan tot de diepgaande BIBOB-toets.