In een reorganisatietraject zijn drie fases te onderscheiden.
Fase 1 is de fase die voorafgaat aan de feitelijke reorganisatie. In deze fase worden de ambtenaren actief betrokken bij de reorganisatieplannen en regelmatig geïnformeerd over de voortgang. In fase 1 wordt het reorganisatieplan en het reorganisatiebesluit voorbereid en genomen. In het reorganisatiebesluit zijn de functiecategorieën benoemd. Indien van toepassing, wordt advies aan de OR gevraagd. Daarnaast wordt geanticipeerd door mobiliteitskandidaten aan te wijzen. In fases 2 en 3 vindt de feitelijke reorganisatie plaats.
Fase 2 gaat over het plaatsingsproces binnen het reorganisatiegebied dat in deze paragraaf verder is uitgewerkt. Gedurende fase 2 maakt het reorganisatiegebied geen deel uit van de interne arbeidsmarkt van de werkgever. Dat betekent dat eventuele vrijvallende functies binnen het reorganisatiegebied tijdens het plaatsingsproces primair gebruikt worden om boventalligheid na afloop ervan te voorkomen. Pas als de plaatsing volledig is afgerond, en de reorganisatiedatum (peildatum) gepasseerd is, maakt het reorganisatiegebied weer deel uit van de interne arbeidsmarkt van de werkgever. Een te lange afzondering is echter niet in het belang van de organisatie en de boventallige ambtenaren buiten het reorganisatiegebied. Wat betreft de duur streeft de werkgever er naar voor fase 2 een termijn te hanteren van twee maanden voor een kleine reorganisatie tot maximaal zes maanden voor een grote/complexe reorganisatie. Fase 2 wordt afgerond door het individuele besluit dat de ambtenaar toegestuurd krijgt over de plaatsing in de nieuwe organisatie dan wel over de verkrijging van de status van boventalligheid.
Fase 3 start de bemiddeling ( het Van Werk Naar Werk-traject) van de ambtenaren die niet binnen het reorganisatiegebied geplaatst konden worden en dus formeel boventallig zijn verklaard. Vanaf dat moment wordt er, zowel door werkgever als door ambtenaar, actief gezocht naar een passende en/of aanvaardbare functie. Deze fase wordt geregeld door paragraaf 5 van hoofdstuk 10d van de AGZ en als in- en aanvulling daarop paragraaf 5 van dit sociaal kader.