De ambtelijke organisatie van de gemeente Amersfoort bestaat uit de directie en twintig afdelingen met samenhangende taakvelden. De namen en taakvelden van de afdelingen zijn geregeld in het Algemeen Bevoegdhedenbesluit gemeente Amersfoort. Afdelingen kunnen onderverdeeld zijn in teams. Er zijn maximaal drie lagen van integraal leidinggevenden (directie, afdelingsmanager, teammanager).
Dat leidt tot het volgende organogram van de hoofdstructuur: