Zeeschepen worden grotendeels gefaciliteerd in de Industriehaven en Nieuwe Industriehaven. Harlingen beschikt in de verschillende havens over 1.500 meter kade waaraan schepen geladen en gelost kunnen worden, eventueel met portaal- en autokranen. Dit betreft met name overslag van mineralen, gekoelde en bevroren voedselproducten, agrarische producten en stukgoed. Daarnaast is er in de Industriehaven een cluster van scheepswerven waar zee- en binnenvaartschepen, maar ook zeegaande jachten, worden gebouwd en onderhouden.
Met het groter worden van hun kotters hebben Urker vissers Harlingen gekozen als thuishaven omdat deze vanaf de Noordzee vrij bereikbaar is. Aan het eind van de week lossen veel schepen bij de Urker visveiling. Op het Wad zijn garnalenkotters, kokkelschepen en mosselaars actief.
Zeeloodsen, sleepboten en de moderne Verkeerstoren kunnen assistentie verlenen bij aan- en afvaart.
Baggerschepen houden de vaargeulen op een diepte van zeven meter; voor het op deze diepte brengen heeft het Harlinger bedrijfsleven een bijdrage geleverd. Boeienleggers verzorgen de betonning op het telkens veranderende Wad. Harlingen is de thuishaven van patrouillevaartuigen van diverse overheidsdiensten. Er liggen hier twee KNRM-reddingboten op station. Gaswinning op het Wad heeft geleid tot de vestiging van een gasbehandelingsstation.