De rekenkamercommissie stelt een onderzoeksprotocol op waarin wordt vastgelegd wat de werkwijze is van de rekenkamercommissie bij de uitvoering van onderzoeken. In het onderzoeksprotocol wordt aandacht besteed aan de criteria voor de selectie van onderzoeksonderwerpen, het opstellen van de onderzoeksopzet, de samenwerking met externe onderzoekers en adviseurs, de gang van zaken inzake hoor en wederhoor, de dossiervorming, de wijze van rapportage, de openbaarmaking van rapporten, de organisatie van publiciteit en het nazorgtraject.