De meeste waarborgfondsen zijn achterborgstellingen. Achterborgstellingen zijn regelingen waarbij de overheid indirect garant staat. De overheid staat in dat geval garant voor een garantie die een waarborgfonds afgeeft. Pas als dit waarborgfonds niet meer aan haar verplichtingen kan voldoen, kan er een beroep worden gedaan op de overheid.
Voor de meeste waarborgfondsen is de rijksoverheid de achterborg. Als de aanvragende instantie een beroep zou kunnen doen op een van deze waarborgfondsen, is borgstelling door de gemeente niet nodig. Dergelijke aanvragen worden dan ook niet gehonoreerd door de gemeente.
De meest voorkomende achterborgstellingen van alleen het rijk zijn:
Stichting Waarborgfonds Eigen Woningen (WEW). Dit betreft de Nationale Hypotheek Garantie (NHG). Vanaf 1 januari 2011 loopt de gehele achtervang via het rijk. Nieuwe aanvragen zijn niet meer van toepassing voor de gemeente;
Waarborgfonds voor de Zorgsector (WFZ): financiering vastgoed intramurale instellingen.
Overige waarborgfondsen zijn:
Stichting Waarborgfonds Kinderopvang;
Provinciale cultuurfondsen voor monumenten.