In een omgevingsvergunning (aspect milieu) stelt de gemeente altijd voorwaarden aan bedrijfsmatige activiteiten, die gezien hun aard en omvang een bedreiging vormen voor de bodemkwaliteit. Bij het voorschrijven van bodembeschermende voorzieningen hanteert de gemeente de Nederlandse Richtlijn Bodembescherming (NRB) en/of publicaties van het Plan Bodembeschermende Voorzieningen (PBV). Een voorbeeld hiervan is de CUR/PBV- beoordelingsrichtlijn voor de aanleg van vloeistofdichte vloeren.
Bij de aanvraag voor een omgevingsvergunning (aspect milieu) moet de aanvrager een bodemrisicoanalyse (conform de NRB) uitvoeren teneinde de aard en mate van bodembedreigende activiteiten te bepalen. Als sprake is van bodembedreigende activiteiten dient de aanvrager tevens een nulsituatie(bodem)onderzoek uit te voeren. Een nulsituatieonderzoek is bedoeld om de bodemsituatie op de plaats van de bodembedreigende activiteiten binnen de inrichting (het bedrijfsterrein) in kaart te brengen. Ook bij actualisatie van vergunningen kan om een nulsituatieonderzoek worden gevraagd als bodembedreigende activiteiten plaatsvinden. Als de bodem op een later tijdstip nogmaals wordt onderzocht, kan bij een eventueel geconstateerde bodemvervuiling een veroorzaker worden aangewezen. In de vergunning kan worden opgenomen dat regelmatig een herhalingsonderzoek dient te worden uitgevoerd, ook dit dient te voldoen aan NEN 5740. Bij beëindiging van de bedrijfsactiviteiten wordt in principe een eindonderzoek verlangd.
Een nul- of eindsituatieonderzoek in het kader van een omgevingsvergunning dient te voldoen aan NEN 5740, protocol B8 ‘onderzoeksstrategie vaststelling nulsituatie en eindsituatie bij een toekomstige bodembelasting'. Het bevoegd gezag kan eventueel aanvullende eisen stellen omtrent het aantal en de plaats van peilbuizen, de te gebruiken analysemethode en de te bepalen parameters. Voor ondergrondse tanks geldt NEN 5740, protocol B9.