Aan vernietigen zijn kosten verbonden. Deze zijn afhankelijk van hoe vernietigen wordt gerealiseerd. Naast de kosten voor de inzet van mensen, moet er bij digitaal vernietigen ook rekening gehouden worden met bijvoorbeeld aanschafkosten of ontwikkelkosten voor de vervanging of aanpassing van informatiesystemen. Ook de investering in de benodigde kennis bij zowel analoge als digitale vernietiging kan kosten met zich meebrengen.