In de in deze beleidslijn bepaalde gevallen, zal betrokkene, naast de gebruikelijke aanvraagformulieren, de Bibob-vragenformulieren dienen in te vullen en inleveren bij het bestuursorgaan. De inhoud van de vragen die kunnen worden gesteld, is bij Ministeriele Regeling van 24 juni 2013 vastgesteld. In geval de aanvraag betrekking heeft op een nieuwe beschikking, maken de Bibob-vragenformulieren en alle daarin gevraagde (kopieën van) documenten onderdeel uit van de aanvraag.
Een weigering van de aanvrager om medewerking te verlenen aan het Bibob-onderzoek kan ertoe leiden dat het bestuursorgaan de aanvraag niet in behandeling neemt of dat een reeds verstrekte vergunning wordt ingetrokken.
Als het bestuursorgaan op basis van het eigen onderzoek in het kader van de Wet Bibob genoeg aanwijzingen heeft om in redelijkheid te kunnen aantonen dat er sprake is van een 'ernstig gevaar' als bedoeld in de Wet Bibob, kan het de vergunning op deze grond weigeren of intrekken of voorschriften aan vergunning verbinden
Aanvullend op de controle en analyse van de (extra) verstrekte informatie als hiervoor genoemd, kan nog een advies bij het LBB worden gevraagd indien:
na het eigen onderzoek vragen blijven bestaan over omstandigheden in de persoon van de aanvrager en/of daarmee in verband te brengen betrokkenen, de financier van de betreffende activiteiten en/of onderneming of de eigenaar van het pand;
na het eigen onderzoek vragen blijven bestaan over de bedrijfsstructuur van aan de uitvoering van de beschikking te verbinden onderneming(en);
na het eigen onderzoek vragen blijven bestaan over de financiering van de aan de betreffende beschikking te verbinden activiteiten;
de officier van justitie de gemeente de tip geeft om in een bepaalde zaak een bibob-advies aan te vragen.
Bij de uitvoering van het Bibob-onderzoek kan ondersteuning gevraagd worden aan het RIEC.