De Wabo onderscheidt twee procedures; de reguliere en de uitgebreide procedure. Uitgangspunt bij het bepalen van de te volgen procedure is dat de reguliere procedure wordt gevolgd, tenzij anders is bepaald. In artikel 3.10 Wabo staat expliciet aangegeven wanneer de uitgebreide procedure moet worden gevolgd.
Voor de in paragraaf 1.1 onder a en b opgenomen afwijkingsmogelijkheden van de Wabo, geldt de reguliere procedure van acht weken (eventueel plus een verlenging van zes weken). Als deze wettelijke termijn wordt overschreden, ontstaat een van rechtswege verleende vergunning. Voor de in paragraaf 1.1 onder c geldt de uitgebreide procedure van 26 weken. Dit is een termijn van orde.
Bij vergunningaanvragen voor zaken die in strijd zijn met het bestemmingsplan ligt de grens voor het ontstaan van een van rechtswege verleende vergunning dus bij de maximale mogelijkheden die artikel 4 Bijlage II van het Bor biedt.