De bodemfunctieklassenkaart speelt niet alleen een rol bij het toepassen van partijen grond of baggerspecie maar ook bij het vaststellen van de terugsaneerwaarden en de milieu hygiënische kwaliteit van de leeflaag of aanvulgrond in het geval van saneringen. In de Circulaire bodemsanering 2009 (Staatscourant nr. 67 van 7 april 2009) is namelijk aangegeven dat wanneer er aanleiding is om te saneren, de standaardaanpak uitgaat van het functiegericht saneren. Dit betekent dat de bodemkwaliteit in de contactzone (bovengrond) in die mate moet worden hersteld dat wordt voldaan aan de bij de functieklasse behorende maximale waarden.