Windmolens hebben ook invloed op onder andere vogel- en vleermuizenpopulaties. Zo kunnen vogels in dodelijke aanvaring komen met de rotorbladen van windmolens. De extra sterfte leidt tot een afname van vogelpopulaties. Als het hierbij gaat om beschermde diersoorten dan is dat in principe niet aanvaardbaar.
In de ruimtelijke onderbouwing voor de besluitvormingsprocedure van windmolens moet daarom onder andere worden onderbouwd wat de effecten op flora en fauna kunnen zijn en de risico's van het initiatief windmolens op dierpopulaties6Uit onderzoek van de Universiteit van Wageningen blijkt dat de gevolgen van de extra sterfte op vogelpopulaties onder de huidige normen voor windmolens worden onderschat. Zie; "Mortality limits used in wind energy impact assessment underestimate impacts of wind farms on bird populations", Universiteit van Wageningen, Peter Schippers, Ralph Buij, Alex Schotman, Jana Verboom, Henk van der Jeugd, Eelke Jongejans. 04 Juni 2020.. Impact op beschermde soorten moet voorkomen worden.