Binnen een boomstructuur staan bomen die als lijnelement belangrijk zijn en beschermd moeten worden. Lijnelementen zijn belangrijk omdat ze als geheel een verhoogde waarde vertegenwoordigen voor bijvoorbeeld de biodiversiteit, klimaatadaptatie of ze omdat ze een esthetische waarde vertegenwoordigen. Er kunnen ook individuele bomen tussen staan die niet aan de criteria voldoen in Tabel 1: Criteria voor het toevoegen van bomen aan de Bomenkaart. Bomen (met een stamomtrek kleiner dan 31 cm), die binnen de boomstructuur vallen, maar niet aan (alle) criteria in de hierboven genoemde tabel voldoen, zijn toch beschermd.